درپی رحلت آیت ا... بهجت پیام تسلیتی از طرف رهبر معظمانقلاب اسلامی منتشر شد. متن پیام به این شرح است:
بسمالله الرحمن الرحیم
انالله و اناالیه راجعون
با دریغ و افسوس فراوان خبر یافتیم که عالم ربانی، فقیه عالی قدر و عارف روشن ضمیر حضرت آیت ا... آقای حاج شیخ محمدتقی بهجت (قدس ا... نفسه الزکیه) دار فانی را وداع گفته و به جوار رحمت حق پیوستند. برای اینجانب و همه ارادتمندان آن مرد بزرگ این مصیبتی سنگین و ضایعه ای جبران ناپذیر است. ثلم فی الاسلام ثلمه لایسدها شی.آن بزرگوار که از برجستگان مراجع تقلید معاصر به شمار می رفتند معلم بزرگ اخلاق و عرفان و سرچشمه فیوضات معنوی بی پایان نیز بودند. دل نورانی و مصفای آن پارسای پرهیزگار آینه روشن و صیقل یافته الهی و کلام معطر او راهنمای اندیشه و عمل رهجویان و صالحان بود. اینجانب تسلیت صمیمانه خود را به پیشگاه حضرت بقیة ا... (ارواحنا فداه) تقدیم می دارم و به حضرات علمای اعلام و مراجع عظام و شاگردان و ارادتمندان و مستفیضان از نفس گرم و به ویژه به خاندان مکرم و آقازاده ارجمند ایشان تسلیت عرض می کنم و برای خود و دیگر داغداران از خداوند متعال درخواست تسلی و برای روح مطهر آن بزرگوار طلب رحمت و مغفرت می کنم. والسلام علیه و رحمة الله